A Terra Indígena Vale do Javari com uma extensão de 8.527.000 hectares se situa na região do Alto Solimões, no sudoeste do estado do Amazonas, próximo a fronteira do Brasil com o Peru. Abrange áreas drenadas pelos rios Javari, Curuçá , Ituí, Itacoaí e Quixito, além dos altos cursos dos rios Jutaí e Jandiatuba, permeando os municípios de Atalaia do Norte, Benjamin Constant, São Paulo de Olivença e Jutaí. A atual disposição espacial dos muitos povos indígenas que hoje a ocupam é resultado tanto das inter-relações historicamente mantida entre as diversas sociedades indígenas da região, quanto reflexo da expansão das frentes extrativistas que forçaram alguns deles a procurarem refúgio dentro dessa área (Campanha Javari, 1986; Funai, 1998).

Vários dos povos do Vale do Javari preferem se manter isolados e seus territórios são, basicamente, delimitados em função das suas necessidades de subsistência e da distância que mantêm dos não-índios e dos grupos rivais, sendo muito destes territórios contíguos uns aos outros (Cedi, 1986). Os grupos isolados são os Índios do Alto Jutaí, Índios do Jandiatuba, Korubo, Maya, Índios do Rio Bata, Índios do Igarapé Pentiaco, Índios do Rio Novo de Cima e Índios do Rio Bóia.

A enorme riqueza biológica e cultural da TI Vale do Javari está hoje sob a guarda quase exclusiva dos povos indígenas. A importância do conhecimento que estes povos possuem para o futuro das relações homem-natureza nas complexas áreas tropicais é subestimada ou mesmo desconsiderada nas políticas públicas para a região. Este Programa se volta à formação de cidadãos indígenas conscientes da responsabilidade em gerirem tão rico patrimônio cultural e ambiental.

O CTI firmou com o Conselho Indígena do Vale do Javari - Civaja o compromisso de coordenar a discussão teórica e prática da construção do Projeto Político Pedagógico da Educação Indígena para o Vale do Javari. Para esta proposta, a equipe de Educação do CTI tem não só a experiência acumulada nestes 20 anos, mas o conhecimento específico vindo da responsabilidade pela implantação, desde o início de 2002, de escolas modelo nas aldeias Matis e Marubo do Rio Novo. Estas escolas, que vêm sendo acompanhadas por educadores de nível superior residentes nestas aldeias, têm se constituído como referência à reflexão de uma nova práxis educativa, contrapondo-se aos modelos anteriores, impostos pela prefeitura de Atalaia do Norte.

A atuação do CTI na TI Vale do javari se dá com os povos Matis, Mayoruna, Marubo e Kanamari e na proteção dos territórios de uso dos grupos isolados.