A criação do CTI acontece no início do processo de abertura política que marcou a transição do regime militar (1964-1986) para a democracia. Nesse contexto a sociedade civil começou a se organizar através de movimentos e associações, elaborando seus projetos de intervenção na política governamental vigente.

O CTI tem como marca de sua identidade o apoio direto aos Povos Indígenas com os quais trabalha visando repassar-lhes recursos e assessoria técnica com o objetivo de instrumentar aqueles povos para que possam atingir o maior grau possível de auto-suficiência econômica e política, porém dentro de parâmetros socioculturais dados pelas - e sob domínio das - próprias comunidades indígenas.

Projetos desenvolvidos e acompanhados pelo CTI

1979 - PEN -Projeto de Emergência Nhandeva (Saúde e Educação entre os Guarani das aldeias do município de São Paulo).

1979 – Início do Programa Guarani que visa a garantia aos Guarani do uso de seus territórios tradicionais nos seis estados do litoral sul e sudeste do país e no Mato Grosso do Sul.

1979 – Projeto de ocupação e posse definitiva do território Kaxinawá, com apoio para criação de uma cooperativa de borracha e controle dos seis seringais.

1979 - Apoio ao Gavião em reivindicação de indenização por desmatamento e passagem de linha da Eletronorte (Tucuruí).

1979 – Apoio à auto-afirmação dos grupos Nhambiquara do Norte, visando a que os índios assumissem a exploração da borracha e sua comercialização. Com os Nhambiquara do Campo  a organização de cooperativa, recuperação e ampliação de plantio de café “herdado” de fazendeiro invasor.

1979 – Apoio aos Suruí à produção agrícola e sustentabilidade.

1979 - Elaboração de material de alfabetização em português para os Txukurramãe.

1980 - Projeto Krahô - apoio e implementação de um sistema de gestão autônoma dos recursos orçamentários da FUNAI dirigidos para a assistência. Incluiu a negociação, controle e a aplicação direta desses recursos em projetos de assistência. Apoio às aldeias Galheiro e Santa Cruz, para produção agrícola comunitária e construção da infraestrutura para guardar e escoar excedentes (depósito, pontes, mata-burros, melhorias da estrada).

1981 - Projeto Guarani para apoio agrícola e controle territorial nas aldeias de São Paulo, Rio de Janeiro e Espírito Santo.

1980 – Atividades de garantia e reforço da presença Guarani nos estados do sudeste, com apoio à produção agrícola e início de programa de alfabetização em português e apoio à reestruturação sócio-econômica.

1981 – Apoio aos Suruí às ações de coleta e comercialização da Castanha-do-Pará e para as roças de subsistência, com geração de excedente, evitando a oferta como mão-de-obra aos fazendeiros. 

1981/82 - Início dos processos de auto-demarcação das terras dos Potiguara (Baia da Traição - Paraíba) e Kiriri (Mirandela - Bahia).

1982/07 - Assessoria e acompanhamento de ações judiciais e inquéritos envolvendo áreas Guarani no litoral.

1983 - Início da implantação de projeto para comercialização autônoma do guaraná produzido pelos Sateré-Mawé (Amazonas).

1983 - Fundação da primeira cooperativa de borracha para índios seringueiros Kaxinauá, em parceria com a Comissão Pró-Índio do Acre. Início da retomada dos seringais, delimitação e demarcação das terras Kaxinauá no Rio Jordão, levando ao fim da dependência desses índios em relação aos patrões.

1983 -Campanha pela demarcação da Terra Indígena "Vale do Guaporé" (Mato Grosso e Rondônia) em favor de vários sub-grupos do povo Nambiquara afetados pelo asfaltamento da BR 364 Cuiabá/Porto Velho. Projeto de controle territorial através da exploração de seringa entre os sub-grupos Mamaindê e Negarotê.

1983 - Encaminhamento, ao Governo do Estado de São Paulo, de programa de reconhecimento e regularização das terras Guarani, participando diretamente nos trabalhos. Este reconhecimento implicou, posteriormente, na demarcação de terras Guarani em outros Estados da Federação.

1984 - Elaboração da proposta de delimitação da terra indígena Apinajé (TO)

1985/86 - Organização da auto-demarcação da terra dos índios Apinajé com apoio de 140 índios de etnias diversas - Kayapó, Krahô, Xerente, Xavante e Canela.

1987 – Início das atividades do projeto Vídeo nas Aldeias, voltado ao registro em vídeo dos índios por eles mesmos e sob sua ótica. Em 2000 o projeto foi convertido na associação homônima.

1987/89 - Homologação das áreas Guarani situadas no Estado de São Paulo.

1989 - Elaboração da proposta de delimitação da terra indígena Krikati (MA) para o Ministério Público Federal e reconhecida pelo Governo Federal em 1992.

1991/1993 - Elaboração da proposta de delimitação da terra indígena Xavante de Marawasedi ou Suiá-Missu reconhecida pelo Governo Federal em 1996.

1992 - Início do apoio do CTI aos Wajãpi, para as ações de controle territorial e ambiental.

1991/1992 - Implantação de projetos para viabilizar alternativas econômicas não-predatórias entre os Terena e Wajãpi, com apoio do Ministério do Meio Ambiente.

1991/92 - Demarcação e regularização fundiária de 7 terras indígenas dos grupos Guarani-Kaiowá (Mato Grosso do Sul).

1992/1993 - Coordenação de GT para Identificação e demarcação das terras ocupadas pelos Guarani no litoral sudeste (Rio de Janeiro, São Paulo).

1993 - Início do "Projeto de Conservação Ambiental e Subsistência" entre os Guarani-Mbya

1993 - Implantação do Programa de Educação desenvolvido junto aos Timbira, Terena e Wajãpi.

1993 - Início da implantação do projeto "Frutos do Cerrado" envolvendo os índios Timbira e pequenos produtores do Maranhão e Tocantins, com apoio inicial da Comunidade Européia e Ministério do Meio Ambiente.

1993 - Implantação do projeto "Extrativismo Mineral e Controle Territorial" entre os Wajãpi (AP), com apoio da Comunidade Européia.

1994/96 - Demarcação das terras Wajãpi, através de convênio com a FUNAI e com apoio da GTZ - agência de cooperação técnica do governo alemão.

1995/98 – Projeto Regularização das terras Guarani no litoral, com apoio da FAFO, DKA e H300.

1995/97 - Os Guarani de Marabá(PA) com o apoio do CTI conseguem uma área de terra própria para formarem sua aldeia.

1996/2005 – Projeto Conservação ambiental e subsidência do povo Guarani no litoral, nas aldeias de São Paulo e Rio de Janeiro.

1997/99 - Pendência judicial envolvendo o CTI, os Wajãpi e o Ministério Público Federal do Amapá, em torno do direito exclusivo dos índios sobre as riquezas minerais do solo (ouro aluvionar). Uma intensa campanha de difamação é lançada contra o CTI por políticos e garimpeiros. O projeto " Recuperação de áreas degradadas por garimpona TI Wajãpi" elaborado pelo CTI-APINA e aprovado pelo Ministério do Meio Ambiente aguarda os trâmites finais da sentença favorável ao CTI e índios Wajãpi, proferida por juiz federal em agosto de 1999.

1999 - Coordenação do GT para revisão de três terras indígenas Terena no Mato Grosso do Sul: Terras Indígenas Buriti, Cachoeirinha e Taunay-Ipegue, cujos relatórios foram aprovados pela Funai em 2004, 2003 e 2004, respectivamente. A TI Cachoeirinha teve declarada sua posse permanente pelos Terena em 2007.

1999 - Início do "Programa de Proteção e Fiscalização do Entorno da TI Wajãpi" em parceria com a GTZ e PPTAL-FUNAI

1999 - Participação no Grupo de Trabalho Interinstitucional ( CTI, FUNAI, SMA-PEIC) para atuar junto à comunidade Guarani da Ilha do Cardoso.

1999 - Inicio do "Programa de Proteção Etno-Ambiental do Vale do Javari - Amazônia", em parceria com o Departamento de Índios Isolados (DEII) da FUNAI. Este programa encerrou-se em 2002, quando foi assinado Termo de Cooperação Técnica entre CTI e FUNAI para apoio em infra-estrutura e pessoal para três das cinco Frentes de Proteção Etnoambiental existentes.

2000 - Início do programa" Levantamento Ambiental de Terras Indígenas" entre os Krikati e Waiâpi, no estado do Amapá, continuado pelo IEPÈ a partir de 2004.

2001/05 – Projeto Ambiental Guarani para subsídio às comunidades Guarani do litoral dos seis estados do sul e sudestes para a garantia e conservação de seus territórios e a articulação entre as aldeias.

2002 – Início dos trabalhos de apoio à construção de uma educação escolar bilíngüe e de qualidade nas comunidades indígenas dos povos Matis, Marubo, Kanamari, Mayoruna e Kulina, na Terra Indígena Vale do Javari, estado do Amazonas.

2004 – Início do trabalho de Proteção Etnoambiental de Povos indígenas Isolados na Amazônia Brasileira, em Cooperação Técnica com a FUNAI, para apoio em infra-estrutura e pessoal para três das cinco Frentes de Proteção Etnoambiental existentes, que substituiu o "Programa de Proteção Etno-Ambiental do Vale do Javari - Amazônia".

2004 – Início do projeto de melhoria das condições de vida dos povos indígenas do Vale do Javari, no estado do Amazonas.

2004 – Dossiê e campanha sobre a grave situação de saúde pública no Vale do Javari.

2004 – Articulação e participação no Fórum em Defesa dos Direitos Indígenas, movimento que reúne as principais organizações indígenas e indigenistas do Brasil.

2005 – Realização dos amplos seminários Terras Guarani no Litoral: contexto fundiário e ambiental

2005 – Levantamento da situação de detentos indígenas no mato Grosso do Sul, Rondônia e Roraima, em parceria com o Comitê Internacional da Cruz Vermelha.

2005 – Articulação da Aliança Internacional para a proteção dos Povos Indígenas isolados.

2006 – Projeto Regularização Fundiária e Recuperação Ambiental de Terras Guarani.

2006 – Realização dos estudos etnoecológicos e possíveis impactos sobre os povos Timbira em decorrência da implantação da Usina Hidroelétrica de Estreito, no estado do Maranhão.

2006 – Participação, como membro, do Conselho Estadual de Educação do estado do Tocantins.

2006 – Diagnóstico socioambiental das terras indígenas do médio curso do rio Xingu, para avaliar as possibilidades de implantação de projetos de conservação.

2006 – Realização do Relatório de Identificação da Terra Indígena para os índios isolados Kawahiva do Rio Pardo, no estado do Mato Grosso, sendo aprovado pela Funai em 2007.

2006 – Realização do seminário “Nossa Terra, Nossa Casa” para a defesa de direitos e interesses comuns dos povos indígenas da região de Cerrado, que culminou na criação da MOPIC – Mobilização dos Povos Indígenas do Cerrado.

2006 – Escola Timbira forma sua primeira turma no ensino fundamental e o CTI  inicia a implantação do ensino médio Timbira.

2007 – Início do diagnóstico aprofundado da situação dos detentos indígenas no estado do Mato Grosso do Sul, para proposição de um sistema permanente de apoio aos presos, famílias e comunidades.

2007 – Membro da Comissão Nacional de Política Indigenista do governo Brasileiro, como representação das entidades indigenistas da sociedade civil.

2007 – Início do mapeamento das terras e territórios Guarani no Paraguai, Argentina e Brasil, para articulação internacional das políticas públicas de garantia dos direitos indígenas nestes países.